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顯微 CT 技術在農業領域中的應用

 更新時間:2024-07-04 點擊量:1302

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近年來,隨著前沿生物技術的發展和精密儀器的引入,農業領域的研究取得了許多突破性進展和成果。顯微 CT 技術以 X 射線成像為原理,為研究人員提供了一種強大的工具,能夠深入探究農作物、植物和土壤的微觀世界,為農業科學研究和生產帶來新的視角與方法。

01 顯微CT技術簡介  

顯微 CT 技術利用 X 射線照射樣品,通過探測器記錄透射的 X 射線強度分布,再利用計算機算法重構出樣品的三維內部結構。顯微 CT 技術能夠在非破壞的情況下,提供高分辨率和三維圖像。

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顯微 CT 結構示意圖:射線源和探測器不動,樣品臺旋轉

顯微 CT 技術可以無損地提供詳細的材料內部信息,包括:

1結構信息:如直徑、體積、表面積、圓度、連通性、空間分布......

2密度信息:如空腔孔隙、元素輕重、成分分布......

3三維模型:如有限元分析、3D 打印......

02 顯微CT在農業領域中的應用 

(1)植物內部結構分析

顯微CT 技術能夠無損地獲取植物內部結構的高分辨率三維圖像,這對于研究植物的莖稈維管束、葉片結構、果實和種子內部結構等具有重要意義。通過顯微CT 技術,研究人員可以詳細觀察植物內部結構的微觀特征,從而更好地理解植物的生長、發育和適應性。

  • 植物莖稈維管束研究

顯微 CT 技術可以精確地揭示作物莖稈中的維管束分布、形態和結構特征,為作物的遺傳解析、抗倒伏性評估、高通量表型數據獲取以及數據庫構建等方面提供了強有力的工具。

  • 作物種子內部結構分析

顯微 CT 技術允許對種子進行無損檢測,可以探索種子內部種皮、胚芽、胚乳等,并進行體積分析,幫助評估種子的萌發潛力、出芽率和質量。

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使用顯微CT 技術預測番茄種子的萌芽潛力,發芽測試結果示例:正常幼苗、異常幼苗、死亡種子、未發芽種子。圖片源于文獻【2】。

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A)嚴重變形的胚胎,B) 輕微變形的胚胎,C) 嚴重縮小的胚乳,D) 側向彎曲的子葉,即垂直方向 種子橫切面,E)反折子葉,即種子內的一個或兩個子葉急劇反折,F)胚乳中的孔,G)子葉中的裂縫,N)正常種子結構。圖片源于文獻【2】。

(2)土壤結構及植物根系結構分析

  • 土壤結構研究

土壤團聚體微結構對土壤的物理、化學和生物特性有顯著影響。顯微CT 技術可以用于掃描土壤樣品,獲取土壤團聚體的三維圖像,進而分析土壤孔隙度、孔隙分布、團聚體穩定性等特性。這對于評估土壤質量、指導土壤管理和改良措施具有重要價值。

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(A)非飽和多孔土壤團聚體的 X 射線計算機斷層掃描(X 射線 CT)切面、飽和孔隙和非飽和孔隙以及頸部區域;(B)帶根土壤的顯微計算機斷層掃描重建切面;(C)土壤核心中根網絡的三維可視化;(D)利用同步加速器 X 射線 CT 表征土壤團聚體;(E)在體積密度為 1.3 g cm-3 的土壤微生態系統薄切片中 DAPI 染色的熒光假單胞菌細胞(亮藍色)。圖片源于文獻【3】。

  • 植物根系結構研究

根系是植物的重要器官,用于從土壤中吸收水分和養分。為了有效地吸收水分和養分,植物發展了不同形態和功能的根系,如主根和側根以及根毛。這些不同根系類型在土壤中的空間分布被稱為根系結構(RSA)。

顯微 CT 技術可以深入研究植物根系結構、生長狀態和吸收養分的情況。通過高分辨率的三維圖像,科研人員可以觀察到根系的分支、長度和形態,從而更好地理解植物在不同環境條件下的生長狀況,為優化農業生產提供科學依據。

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利用顯微CT 技術實現水稻根系結構的高通量三維可視化:(a) X 射線 CT 容積按比例放大的水平切片,使用核大小為 1、3、5、7 和 9 的三維中值濾波器進行過濾,圖像上方的數字表示核大小,圖像上的數字表示對比度與噪聲比。最左側圖像中的箭頭表示具有代表性的根碎片;(b) 模糊濾波器核大小對邊緣檢測的影響。圖像上方的數字表示內核大小,箭頭表示有代表性的樹根片段,使用內核大小 5 時,白色箭頭表示的樹根幾乎不可見,而使用大內核大小(如 57)時,黃色箭頭表示的樹根會粘連在一起;(c )圖像處理后 CT 容積的水平投影,未進行閾值處理或尺寸開放;(d )圖像處理后 CT 容積的水平投影,進行了閾值處理和尺寸開放。圖片源于文獻【1】。

(3)作物育種

顯微CT 技術可以無損地獲取作物種子或組織的高分辨三維圖像,使研究人員可以詳細地分析作物內部結構和表型特征。它為作物遺傳改良、功能基因研究、品質評價以及抗性機制研究提供了一種新的研究手段。隨著技術的發展和應用的深入,顯微CT 技術有望在作物育種中發揮更加重要的作用。

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使用顯微CT 研究稻米堊白的形狀和位置(a)。白腹(X220)、白核(X226)、白全(香早仙)和白背(X191)堊白精米;分別具有白腹(b)、白核(c)、白全(d)和白背(e)堊白的精米的橫截面圖像、重建的3D稻米圖像和重建的3D堊白圖像。紅色箭頭所示的深色區域代表稻米堊白的位置。圖片源于文獻【4】。

糙米:糙米是稻谷脫殼后不加工或較少加工得到的,由米糠 、胚芽和胚乳三大部分組成。與精白米相比,糙米較高程度地實現了稻谷的全營養保留。其米糠層富含膳食纖維,約占據營養成分的 5%。糙米比較難煮熟,口感相對較差,較難消化。

精白米:精白米就是我們平時吃的大米,去掉胚芽,但保留胚乳的部分。精白米富含淀粉,只占據營養成分的 5%,相對易熟,口感較好。

(4)病蟲害防治

顯微CT 技術可以幫助研究人員在不破壞樣品的情況下,觀察植物內部的病蟲害情況,如昆蟲在植物體內的取食痕跡、病原菌的侵染路徑等。這有助于開發更有效的病蟲害防治策略和方法。

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總體而言,顯微CT 技術在農業領域的應用為農業科研和生產提供了全新的手段,通過對微觀結構的高精度觀測,為優化農業生產、改善土壤管理和提高農產品質量提供了重要的數據支持。未來隨著技術的不斷進步,顯微CT 技術在農業領域的應用前景將更加廣闊。 

參考文獻

【1】Shota Teramoto. et al. High-throughput three-dimensional visualization of root system architecture of rice using X-ray computed tomography . Plant Methods. 16, Article number: 66 (2020).

【2】Laura Gargiulo. et al. Micro-CT imaging of tomato seeds: Predictive potential of 3D morphometry on germination. Biosystems Engineering 200, 112–122 (2020).

【3】Ghosh Tridiv, Maity Pragati Pramanik, Rabbi Sheikh M. F., Das T. K., Bhattacharyya Ranjan.(2023).Application of X-ray computed tomography in soil and plant -a review. Frontiers in Environmental Science

【4】3D Visualization and Volume-Based Quantification of Rice Chalkiness In Vivo by Using High Resolution Micro-CT. Rice 13, 69 (2020).

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